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Gli uccelli viventi sono privi di denti. Le mascelle sono protette da due guaine cornee che formano il becco o ramfoteca . Le dimensioni e la forma del becco dipendono dalle abitudini alimentari delle specie. Esso può essere esile o robusto, tubulare o conico, corto o lungo, appiattito a spatola, incurvato. I margini possono essere lisci o dentati; negli Anseriformi lamellati.

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Alla base del becco superiore può essere presente un’area molle, la cera, che delimita le narici, come si può osservare negli Psitacciformi.

Nelle specie carnivore e in quelle che si nutrono di semi grossi e duri i muscoli mascellari sono ben sviluppati.

Il cavo orale, che talvolta può divenire molto ampio (pelicani), presenta una lingua mobile, che può essere carnosa (Psitacciformi) o provvista di un rivestimento corneo. In alcuni casi è protrattile e specializzata nella prensione del cibo.

L’esofago è lungo e tra esso e l’esofago è presente un organo sacciforme, il gozzo o ingluvie, evidente negli uccelli che si nutrono di semi, la cui funzione è di raccogliere l’alimento. Nei piccioni l’ingluvie presenta due tasche laterali che secernono un secreto caseoso, il latte di gozzo. Il latte di gozzo deriva dalla degenerazione fisiologica delle pareti del gozzo. La sua produzione è regolata dalla prolattina che entra nel circolo sanguigno di entrambi i genitori . Detto “latte” è simile, per composizione, al colostro e la sua somministrazione ai piccoli di piccione dura circa 3 settimane, inizialmente da solo, poi mescolato a granaglie predigerite.

Posteriormente l’esofago si continua con il proventriglio provvisto di ghiandole gastriche. Gli uccelli predatori dispongono di efficaci enzimi digestivi in grado di demolire le ossa della loro preda, sebbene falchi e gufi rigurgitino le ossa , il pelo ,le squame e il piumaggio sottoforma di borre.

Allo stomaco ghiandolare fa seguito lo stomaco ghiandolare o ventriglio. Nei granivori è ben sviluppato  e provvisto di piastre corneificate per triturare il cibo. Lo sminuzzamento del cibo è favorito dalla presenza di sassolini che l’uccello raccoglie e inghiotte. Questo dispositivo fa sì che il peso venga spostato dalla testa in prossimità del baricentro, rendendo più efficiente il volo.

Gli uccelli necessitano di parecchia energia per volare e mantenere elevata la temperatura corporea. L’immagazzinamento del cibo nel gozzo assicura un flusso pressocchè continuo dell’alimento allo stomaco. In questo modo gli uccelli non devono spendere tutto il tempo per alimentarsi.

L’intestino tenue è in genere lungo, l’intestino crasso corto e provvisto di due ciechi dorsali. Il retto termina con una cloaca, apertura comune ai tratti terminali delle vie digerenti ed urogenitali. Infatti nella cloaca distinguiamo tre segmenti: il coprodeo, l’urodeo e il proctodeo. In corripsondenza della parete dorsale del proctodeo si trova la borsa di Fabrizio struttura costituita da tessuto linfoide.

Grazie all’organizzazione del sistema digerente gli uccelli sono in grado di utilizzare il cibo più efficacamente dei mammiferi. Una cicogna di tre settimane d’età converte in massa corporea un terzo dell’alimento ingerito. Un giovane mammifero è in grado di convertire in massa corporea circa un decimo di quanto ha assunto.